Дар ҳудуди минтақаи озоди иқтисодии  Ҷумҳурии Тоҷикистон фаъолияти соҳибкории субъектҳо  новобаста аз шакли моликият аз тамоми намуди андозҳое, ки дар Кодекси андози Ҷумҳурии Тоҷикистон пешбини шудааст, ба истиснои андоз аз даромад ва андози иҷтимоӣ озод мебошанд.

Субъектҳои минтақаҳои озоди иқтисодӣ нақши агентҳои андозро оид ба нигоҳдорӣ ва пардохт ба буҷет иҷро намуда, андозсупорандагони андоз аз даромад ва андози иҷтимоии шахсони воқеъии кормандони субъектони МОИ Ҷумҳурии Тоҷикистон мебошанд.